Ninhydrin ist gesundheitsschädlich. Wenn das Sprühreagenz benutzt wird, sollte im Abzug gearbeitet werden. Außerdem ist das Tragen von Einmalhandschuhen zu empfehlen.

Für den Nachweis von Aminosäuren und Peptiden benutzt man Ninhydrin. Dies ist ein sehr empfindlicher Nachweis. Allerdings funktioniert der Nachweis nur bei relativ kurzkettigen Aminosäuren bzw. Peptiden. Verläuft der Nachweis positiv, so verfärbt sich die Probe zeitverzögert, wenn es sich um eine primäre Aminosäure handelt, blau. Die Intensität der Blaufärbung gibt einen Hinweis auf die Konzentration einer zu bestimmenden Aminosäure. Bei sekundären Aminosäuren erfolgt eine Rotfärbung. Mit Prolin funktioniert die Probe nicht.

Hat man etwas von der Ninhydrin-Lösung auf die Finger bekommen, so muss die Haut erst nachwachsen, damit die Verfärbung verschwindet.

Die Ninhydrin-Probe funktioniert in der Regel nicht bei Proteinen, da Ninhydrin nur mit freien Amino-Gruppen reagiert.

Mit der Ninhydrin-Probe kann man auch Ammoniak nachweisen.